Hồi tháng 9, Courtois dính chấn thương đầu gối nghiêm trọng, buộc phải phẫu thuật và nghỉ thi đấu 2 tháng. Đây là một cú sốc lớn đối với Chelsea bởi hồi mùa hè, họ đã bán Petr Cech cho Arsenal vì HLV Jose Mourinho quyết định đặt tất cả niềm tin lên Courtois.
Hệ quả là Chelsea buộc phải sử dụng thủ môn Asmir Begovic khi Courtois vắng mặt. Trong 15 lần được bắt chính, Begovic mới chỉ giữ sạch lưới 4 trận. Ở giai đoạn đầu mùa giải này, đội bóng thành London để lọt lưới tới 23 bàn, trong khi họ chỉ để lọt lưới tổng cộng 32 bàn ở toàn bộ mùa giải trước.
Trong bối cảnh sa sút phong độ thảm hại khi đang xếp vị trí thứ 16 ở Premier League, kém 2 đội đầu bảng Man City và Arsenal tận 15 điểm chỉ sau 12 vòng đấu, nhiệm vụ của Mourinho và các học trò là trở lại càng sớm càng tốt nếu muốn có cơ hội giành được một vị trí trong Top 4. Đây là nhiệm vụ hết sức khó khăn, nhưng được tiếp thêm nhiều sự tự tin khi thủ môn số 1 của họ đã quay trở lại tập luyện cùng với đội bóng mới đây. Trên Twitter, Chelsea hoan hỉ thông báo chuyện Courtois quay trở lại tập luyện, nhưng không cho biết thời gian chính xác thủ môn 23 tuổi sẽ trở lại thi đấu.
Nhiều khả năng Courtois sẽ cần thêm một khoảng thời gian nữa để hồi phục hoàn toàn, và có thể trở lại thi đấu vào đầu tháng 12 như lộ trình mà các bác sĩ đã vạch ra trước đó. Sự trở lại của Courtois có ý nghĩa rất quan trọng bởi tháng 12, Chelsea sẽ phải trải qua lịch thi đấu dày đặc, nên rất cần một điểm tựa vững vàng hơn trong khung gỗ.